गोवर्धन पूजा के दिन घर पर भी श्रद्धा के साथ पूजा की जा सकती है। इसके लिए बहुत जटिल व्यवस्था की आवश्यकता नहीं होती। परिवार अपनी परंपरा और स्थानीय रीति-रिवाज के अनुसार पूजा करता है।
सबसे पहले पूजा स्थल की साफ-सफाई की जाती है। कई घरों में गोबर से गोवर्धन पर्वत की छोटी आकृति बनाई जाती है। इसे फूलों, रोली, चावल और दीपक से सजाया जाता है।
इसके बाद भगवान श्रीकृष्ण की तस्वीर या मूर्ति को पूजा स्थल पर रखा जाता है। पूजा के लिए रोली, अक्षत, फूल, दीपक, धूप, मिठाई और फल आदि रखे जा सकते हैं।
कई परिवार गोवर्धन की आकृति के आसपास गाय और बछड़े की छोटी आकृतियां भी बनाते हैं। इसके पीछे कृष्ण की गोपाल लीला और ग्रामीण जीवन की परंपरा को याद करने की भावना होती है।
पूजा के दौरान भगवान कृष्ण और गोवर्धन पर्वत का ध्यान किया जाता है। परिवार के सदस्य मिलकर आरती करते हैं। इसके बाद भगवान को तैयार किए गए भोजन का भोग लगाया जाता है।
अन्नकूट के लिए घर में उपलब्ध विभिन्न प्रकार के भोजन तैयार किए जा सकते हैं। इसमें सब्जी, पूड़ी, मिठाई, चावल, दाल, फल और अन्य पकवान शामिल हो सकते हैं।
पूजा के बाद प्रसाद परिवार के सदस्यों और आसपास के लोगों में बांटा जाता है। कई लोग इस दिन गौशाला जाकर गायों को चारा भी खिलाते हैं।
गोवर्धन पूजा का मुख्य उद्देश्य केवल पूजा की सामग्री या बड़े आयोजन में नहीं बल्कि श्रद्धा और कृतज्ञता की भावना में माना जाता है। इसलिए घर पर सीमित साधनों में भी इस पर्व को मनाया जा सकता है।
यदि पूजा की कोई विशेष विधि अपनानी हो तो परिवार की पारंपरिक पद्धति या स्थानीय पुरोहित की सलाह को प्राथमिकता देना उचित माना जाता है।